日本有学位证书吗？
有，但是日本的学位和中国的不同，日本采取的是申请制，不是考试制度，所以没有所谓的学历这说法(当然作为中国人来说) 日本的大学根据学校的定位还有特例，比如东京大学的医科学部除了医学系，其他系都不参加升学考试的，直接提交材料由学校录取后决定你是否能上这个学部的，而文理科的本科都是通过报考学校并参加考试(面试+笔试)才能决定你是否有资格入校的。
但到了研究生(修士)的阶段大多数的学校都是申请制的了，只有极个别是考试制的(如东大法学部)，至于博士阶段基本是100%的申请制度(当然你要有钱也可以找几个东大教授花一个亿让你考东大)。 所以从本科生开始你的学位证就是由大学发的毕业证跟中国的一样，但到研究生甚至以后博士毕业了因为制度的不同你的学位证是由日本的国家部门颁发的，叫修士(硕士)学位，具体样式跟国内的不一样。
至于很多题主担心的问题“那这样是不是会使得学历贬值”，我的回答是不会，为什么这么说呢？ 首先在日本无论是本科还是研究生或者后期博士，要想毕业都必须得参加学校的学分制，如果你没学完所有的必修课程是拿不到学位的(除非你是东大特例，哈哈)所以只要你之前本科或者研究生的履历没造假，那么你的学习能力是不会产生疑问的，因此就业的时候你的学位还是很有分量的。
另外一点也跟中国的国情不一样，那就是日本的大学基本上是没有围墙(当然也有除外，不过例外很少)，任何一所大学的学生都可以随意进出其他学校的校门，所以从这个角度上讲你的校友圈子也非常重要，毕竟多认识一些各个大学的人对你将来找工作有帮助的(尤其是理工科)。